Unikoms resa startade som ett samarbete mellan IT-avdelningen i Hörby kommun och IT-enheten i Höörs kommun. År 2011 beslutades det att dessa två IT-avdelningar skulle sammanfogas till en gemensam IT-avdelning som fick namnet Unikom.
Året 2012 valde även Hässleholms kommun och Östra Göinge att ansluta sig till Unikoms tekniska plattform. Detta ledde till starten av ett samarbetsprojekt mellan kommunerna Höör, Hörby, Hässleholm och Östra Göinge med målet att skapa en enhetlig IT-driftsorganisation.
År 2015 föreslog man att kommunerna skulle bilda ett kommunalt aktiebolag för IT-driften efter att man övervägt olika associationsformer. Vid den här tiden valde Hässleholms kommun att dra sig ur, medan Hörby, Höör och Östra Göinge fortsatte sin gemensamma resa. År 2016 bildas bolaget IT-kommuner i Skåne AB, Unikom, och Cecilia Alvesson anställs som VD.
Under 2020 blev även Osby kommun en del av Unikomfamiljen och året därpå, 2021, anslöt även kommunerna Sjöbo och Bromölla. Ägarna beslutade att Sjöbos respektive Bromöllas IT-miljö skulle flyttas över till Unikom under 2022 och 2023. Idag ägs Unikom av kommunerna Bromölla, Hörby, Höör, Osby, Sjöbo och Östra Göinge.